Nuestro Secreto es la historia de Haruki y Kaito, dos chicos en segundo año de preparatoria, que coinciden en la Academia Akatsuki. Su historia explora los obstáculos de ser gay en Japón y los secretos que tienen que mantener para salvar sus vidas. La historia transcurre en un mundo donde cada persona es medio humana y medio criatura, lo que les llevará a tener formas especiales de conectar juntos así como afrontar los peligros que conlleva su relación.