Twitterに載せてたやつをこっちにもとりあえず。
FireAlpacaの元になっている「mdiapp+」の開発ブログ「mdiapp開発報告所」さんの説明を勝手に図解しただけと言えばそうなんですが…
( http://d.hatena.ne.jp/MDIAPP/20160702 )


2017/04/18 追記 : MediBangPaint でも Ver.11.0 からマルチブラシに対応しました。

公式サイトに詳細な作り方の説明が出来てたので、詳しくはそっちを見るのが良いです。

PC版↓
https://medibangpaint.com/use/2017/04/multi_brush/

iPhone版↓
https://medibangpaint.com/use/2017/04/multi_brush_iphone/

android版↓
https://medibangpaint.com/use/2017/04/multi_brush_android/

iPad版↓
https://medibangpaint.com/use/2017/04/multi_brush_ipad/